8 novembre 1076: Alberto da Prezzate, un nobile locale, donò a Cluny parte dei suoi terreni siti in Pontida, su cui già sorgeva una piccola Chiesa, per costruire un ospizio per viandanti e pellegrini. In seguito fu costruito un Monastero ispirato alla regola di San Benedetto, il cui Priore fino al XIV secolo svolgeva il ruolo di vicario dell'Abate di Cluny per la Lombardia.

7 aprile 1167: Il Monastero di Pontida fu scelto quale sede per il Convegno dei Comuni lombardi che strinsero un patto di concordia da cui scaturì la Lega Lombarda.

1310: Venne condotta a termine la costruzione della nuova chiesa, primo esempio di stile gotico in Lombardia.

1373: Il Monastero fu devastato da Bernabò Visconti, duca di Milano, in occasione dello scontro fra Guelfi e Ghibellini. La chiesa fu parzialmente distrutta.

1491: Dopo un lungo periodo di crisi, il Monastero riesce a risollevarsi unendosi alla congregazione di Santa Giustina di Padova che nel 1504 prese il nome di Cassinese perché le fu aggregata la celebre abbazia di Montecassino.

1798: Soppressione napoleonica, il Monastero subì notevoli danni e furti di libri antichi ed opere d'arte.

1830: Fu terminata la ricostruzione della facciata della basilica in stile neoclassico.

1910: Il vescovo di Bergamo Giacomo Radini -Tedeschi richiamò al loro monastero i monaci benedettini per ridare slancio e vigore sia al Monastero che alla Parrocchia di Pontida.

2002: Il Comune di Pontida aderisce alla Federazione dei Siti Cluniacensi dando nuovo slancio e vigore al turismo culturale e religioso.

2006: Il Comune è stato insignito del titolo di Città.